무은재 학생회는 총학생회 산하 자치기구로, 무은재학부생의 권익과 복지 증진을 위해 노력합니다. 또한, 행사를 기획·진행하여 학부생의 자치활동 능력을 배양하고 적극적인 활동 참여를 도모함으로써 학내 발전을 목표합니다. 단일계열로 입학한 신입생 전원은 학과를 선택할 때까지 모두 무은재학부에 소속됩니다. 이들은 무은재 학생회의 각종 투표에서 선거권과 의결권, 발언권을 가지며, 정회원에 한하여 피선거권을 가진다. 단일계열로 입학하지 않은 반도체공학과 신입생도 무은재 학생회의 반도체회원으로 등록될 수 있습니다.

무은재 학생회는 무은재 학생회장단과 무은재 집행위원회로 구성되며, 사무국, 홍보국, 대외협력국 및 임시 기구인 TF가 존재합니다. 국서에 따른 주요 업무는 아래와 같습니다.